В PHPStorm, при использовании файла .gitignore будет происходить ошибка — что он не может добавить файлы, которые находятся в этих папках. Это очевидно, но хотелось бы, чтоб он просто не добавлял их и ошибки не показывал. Для этого в этой IDE предусмотрена следующая штука:
File -> Settings -> Version Control -> Ignored Files
И там можно добавить файлы и папки, которые не требуется хранить в контроле версий (например, директории assets и protected/runtime в Yii).