Встретил такую ошибку. Использовал образ https://hub.docker.com/r/mdillon/postgis
Выяснилось, что образ обновил postgis до версии 2.5 (2.4 был полностью убран).
Чтобы все починить, просто выполните команду внутри контейнера /usr/local/bin/update-postgis.sh - это обновит postgis с версии 2.4 до версии 2.5 внутри вашего контейнера. Возможно, придется перезагрузить его, но у меня все заработало.